Структуру органов местного самоуправления Крупецкого сельсовета Рыльского района составляют:

-   представительный орган муниципального образования – Собрание депутатов Крупецкого сельсовета Рыльского района;
- глава муниципального образования – Глава Крупецкого сельсовета Рыльского района;
-  местная администрация (исполнительно-распорядительный орган муниципального образования) – Администрация Крупецкого сельсовета Рыльского района;
-     контрольно-счетный орган муниципального образования – ревизионная комиссия Крупецкого сельсовета Рыльского района.

Администрация Крупецкого сельсовета Рыльского района обладает правами юридического лица.
Собрание депутатов Крупецкого сельсовета Рыльского района не обладает правами юридического лица.
Органы местного самоуправления Крупецкого сельсовета Рыльского района не входят в систему органов государственной власти.  
Финансовое обеспечение деятельности органов местного самоуправления Крупецкого сельсовета Рыльского района осуществляется исключительно за счет собственных доходов местного бюджета Крупецкого сельсовета Рыльского района.